玉米粒的颜色主要取决于果皮和糊粉层的颜色。通常情况下，黄色玉米的籽粒果皮和糊粉层是无色的，只有胚乳显示出黄色；紫色的玉米则是由于其籽粒果皮为无色，而糊粉层呈紫色。这种颜色变化是由基因决定的，只要出现至少九个显性基因，糊粉层就会表现紫色。
此外，异花授粉的玉米容易发生杂交，如果旁边种的是不同品种的玉米，风把花粉吹来吹去，不同品种之间的玉米就容易出现杂交。如果不同品种的玉米粒的颜色是不同的，杂交的后果就有可能在同一个玉米棒的不同玉米粒出现不同的颜色，所以也会有紫色的玉米。
然而，除了基因和杂交因素外，环境条件也会影响玉米的颜色。例如，当玉米缺磷或缺锌时，也可能出现紫红苗的现象。因此，玉米粒的颜色可能是由多种因素共同决定的。
